Prapor města byl městu oficiálně udělen rozhodnutím Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky v červnu 1998.
Prapor, který se užíval v minulosti, byl tvořen dvěma svislými pruhy, zeleným a bílým. Uprostřed v zeleném dubovém věnečku, byla přirozená sova. Vzhledem k podobnosti s již existujícími prapory jiných měst (např. Dubá) byla navržena upravená podoba. Odborný popis zní - bílý list se zelenou krokví vymezenou bílým žerďovým klínem s vrcholem ve středu listu, vrchol krokve je na středu vlajícího listu, poměr šířky k délce listu je 2:3. Webové stránky i plán města vychází právě z "klubových" barev Jílového, zelené a bílé.
Autorem současné podoby praporu je p. Stanislav Kasík, Heraldická kancelář "Dauphin", Roudnice nad Labem.
Kompletní materiál se všemi doprovodnými texty a podobami symbolů je pro zájemce k dispozici sekretariátu Městského úřadu Jílové.